Nació en Mechiba Nsomo, Evinayong, y se trasladó a Misión San José, del mismo distrito, en cuya iglesia fue catequista durante su juventud y ejerció como maestro en la Escuela Primaria de la localidad.
Se exilió en Gabón en octubre de 1959, donde organizó la Unión Popular de Liberación de Guinea Ecuatorial (UPLGE), en Libreville, con el apoyo del gobierno de Léon Mba.
Regresó a Guinea Ecuatorial en 1963, poco antes de la aprobación de la autonomía del territorio en diciembre de 1963. Un mes antes, tras la recomendación de las autoridades españolas de unirse todos los grupos en un solo partido político, la UPLGE se transformó en el Movimiento de Unión Nacional de Guinea Ecuatorial (MUNGE), partido de derechas afín al régimen franquista y de ideología nacionalista que encontró apoyo entre gente conservadora partidaria de la ley y el orden. También recibió el apoyo de los guineanos más cercanos a la administración, como eran los funcionarios, los jefes tradicionales y en general las personas de mayor edad, los madereros, la Iglesia católica y los colonos, especialmente de los propietarios de fincas españoles.
Tras la concesión del estatuto de Autonomía en diciembre de 1963, de una terna formada por Francisco Macías, Bonifacio Ondo Edu y Abilio Balboa, Bonifacio se convirtió en Presidente del Gobierno autónomo el 1 de enero de 1963; Macías, Vicepresidente, y Balboa, Alcalde de Santa Isabel.
Durante su gestión, se llevaron a cabo algunas obras públicas como, por ejemplo, la construcción del puente sobre el Río Benito o Woro/Wele. Uno de sus proyectos más controvertidos fue el de los Poblados Concentrados, con el que pretendía concentrar a poblaciones pequeñas en núcleos mayores con el fin de facilitar la prestación de los servicios públicos a los ciudadanos.
Participó en la conferencia que elaboró la Constitución de Guinea Ecuatorial de 1968. Cuando participó, como candidato, en las elecciones presidenciales de 1968, era el favorito para ganarlas, entre otras razones por su experiencia como Presidente del Gobierno Autónomo y el preferido por España. Por eso no le interesó demasiado pactar con otros candidatos, como lo habías hecho Macías. Sin embargo, perdió la primera vuelta y la segunda frente a Macías, tras quedar segundo en la primera vuelta con 31.941 votos, volvió a perder las segunda, con 341.254 votos.
El 11 de octubre de 1968, fue condecorado con la Gran Cruz de la Orden de Isabel la Católica en la embajada de España, por Manuel Fraga Iribarne, que vino a representar al Gobierno español en la firma del Acta de Independencia. Enfrentado a Francisco Macías, se exilió de nuevo en Gabón tras la independencia, siendo obligado poco después por el presidente gabonés Omar Bongo a regresar a Guinea Ecuatorial. Es detenido en el Aeropuerto de Santa Isabel, sometido a arresto domiciliario y posteriormente encarcelado en la Prisión Black Beach donde, según la versión oficial, se suicida. Sin embargo, se sabría más tarde que había sido asesinado por un sargento de la Guardia Nacional, tras el fracasado golpe de Estado del 5 de marzo de 1969.
Durante esos días, su mujer también murió.
Su muerte fue comunicada por telegrama a Macías, quien se encontraba en una gira por la Región Continental del país.
